BASES DE DONNEES INFORMATISEES ET SYNDROMES MALFORMATIFS

Martine LE MERRER

Hôpital Necker, Département de Pédiatrie, Service de Génétique Médicale

Les connaissances en génétique médicale ces vingt dernières années ont fait un bond prodigieux. Chaque semaine, deux ou trois nouveaux syndromes sont publiés dans la littérature internationale. Certains sont de nouvelles entités familiales, d'autres sont des associations malformatives apparemment fortuites mais discriminantes. Toutes sont des affections exceptionnelles;

La multiplicité des connaissances nécessaires au diagnostic des syndromes rares, leurs nuances diagnostiques, leur mode de transmission, leur localisation chromosomique, impliquent l'utilisation de l'informatique pour suppléer la mémoire humaine.

De nombreuses équipes spécialisées en génétique médicale ont cherché à élaborer et commercialiser des logiciels d'aide au diagnostic en génétique médicale : London data base, Birth Defects, Gendiag, Possum...

Ces bases de données sont un outil efficace à condition express :

— de savoir les utiliser

— de bien examiner les patients

— de garder son sens critique.

Il ne s'agit que d'aide à la mémoire. La machine ne remplace pas la sagacité du médecin.

Trois bases de données sont assez répandues. Deux associent l'image au texte (Possum, LDDB). Une troisième est en ligne (Gendiag) et accessible soit par Minitel soit sur le serveur Bisance par transpac.

Possum (Pictures of Standard Syndrome and Undiagnosed Malformations) est un logiciel type base de données, couplé à un vidéodisque permettant ainsi de visualiser le syndrome sélectionné par l'ordinateur. Cette caractéristique d'abord spécifique à cette banque de données en génétique médicale lui a donné un intérêt tout particulier, permettant ainsi à l'interrogateur de comparer la dysmorphie de son observation à celle donnée par l'ordinateur. Dans un premier temps, initiée par le Professeur Danks, cette banque de données a été essentiellement développée à Melbourne Murdoch Institute (Agnès Bankier et Computer Power Group).

La banque de données contient plusieurs types d'informations concernant soit des cas publiés de syndromes malformatifs, soit des cas avec ou sans diagnostic, sélectionnés par l'équipe de Melbourne pour leur caractéristique ou leur intérêt évolutif. Il est également possible d'y inclure ses cas personnels selon la procédure imposée par cette banque de données, à l'exclusion des documents photographiques.

Possum permet ainsi d'accéder :

— à la description de syndromes compilés à partir des cas de la littérature,

— à des listes de références pour chacun d'entre eux (références récentes des dix dernières années),

— à leur localisation génétique si elle existe (Gene Map),

— à des exemples de syndromes malformatifs à des âges différents et pour chaque syndrome à des illustrations originales de la littérature, ou concernant des cas diagnostiqués en Australie.

A côté de ces informations, cette banque de données est également un logiciel d'aide au diagnostic : par un système de menus, il est possible de sélectionner un ensemble de signes décrivant le patient (20 au maximum), au sein d'un thésaurus organisé par organes. Ce système génère alors une liste de syndromes candidats pouvant être considérés comme des diagnostics possibles et pour chacun la collection de photographies est interrogeable.

Une modulation des signes est possible grâce à des caractères spécifiques, permettant de considérer l'un ou l'autre comme plus discriminant (majeur) ou exclusif.

Cette banque s'est complétée d'un thésaurus plus spécifique pour la description des chondrodysplasies insistant sur les descripteurs radiologiques et est diffusée sous le nom de Ossum.

La base de données GENDIAG contient de l'information d'origine bibliographique sur les phénotypes anormaux liés à des mutations géniques ou des anomalies du développement quelle qu'en soit l'origine. Elle est accessible en deux langues : français et anglais et a été développée par S Aymé (INSERM SC11).

Chaque phénotype ou syndrome est décrit de la manière suivante :

— son numéro : dans le thésaurus GENDIAG

dans le Birth Defects Encycopedia (BDE)

dans le catalogue de Mc Kusick (MIM)

dans le thésaurus de POSSUM

— la localisation du gène correspondant

— le mode de transmission

— le nombre de signes cliniques et paracliniques associés au syndrome

— le nom du syndrome et ses synonymes

— quelques lignes de commentaires définissant le syndrome

— la liste des signes cliniques et paracliniques ayant été observés au moins une fois dans ce syndrome avec une indication de la fréquence du signe dans ce syndrome. Le thésaurus des signes est hiérarchisé

— la liste des références bibliographiques associés à ce syndrome. Seuls sont cités les articles se rapportant à la définition du phénotype.

A partir de GENDIAG, on peut accéder à la consultation de la base GENATLAS et de la bibliographie associée. Celle-ci contient les données de localisation génétique, des données de liaisons avec des marqueurs, les gènes clonés.

Mise au point par les Docteurs Baraister et Winter à Londres. Cette base s'est récemment complétée de photographies disponibles sur CD ROM. Elle comprend 2 378 syndromes ou anomalies congénitales multiples et 17 861 références. Il s'agit d'un système commode utilisant les menus déroulant, et un thésaurus bien conçu. La recherche peut se faire en utilisant un seul ou plusieurs critères. Les informations données pour chaque syndrome comprennent également les références et un résumé de l'affection.

A cette base de données est jointe une base plus générale (London Neurogenetics Data Base) plus orientée sur les anomalies neurologiques.

Comme tous ces logiciels d'aide au diagnostic, ces bases de données ne se substituent pas au médecin. Les auteurs attirent eux-mêmes l'attention sur la nécessité d'une validation des diagnostics proposés par des syndromlogistes ou des médecins généticiens sensibilisés à la syndromologie.

En effet, les diagnostics proposés sur une liste de signes dont la pondération est grossière, sont multiples : le logiciel permet en fait de trier sur le plus grand nombre de signes communs, sans autre pondération. la liste obtenue, c'est au médecin après consultation des illustrations et de la bibliographie d'accepter ou de rejeter tel diagnostic ou tel autre. Cette étape est essentielle, et au soin de la validation dépendra l'authenticité du diagnostic.

L'utilisation de ces bases de données permettent un auto-enseignement, un apprentissage de la séméiologie des syndromes, de la description des patients, de l'identification des syndromes. Le point particulier est celui de l'expressivité variable des syndromes malformatifs au sein d'une même famille ou dans des familles différentes. De même, la dysmorphie, les critères de reconnaissance de certains syndromes varient au cours de la croissance et conduisent à des stratégies d'interrogations particulières et surtout à préciser au mieux la nosologie de ces syndromes rares.

A côté de l'aide au diagnostic, ces bases de données sont d'excellents outils de recherche clinique permettant grâce à une facilité d'emploi une bibliographie rapide et exhaustive. Il est alors possible de rassembler certaines entités ou d'en individualiser d'autres d'après des observations privilégiées. Sur ces entités alors mieux définies, il est parfois possible de mettre en oeuvre des projets de recherche ciblés conduisant en particulier à mettre en évidence alors des défauts moléculaires, mutations ou délétions, confirmant l'authenticité du syndrome.

Au-delà de l'aide au diagnostic, l'utilisation des bases de données en dysmorphologie est indispensable si l'on s'intéresse aux syndromes malformatifs. Cependant, leur utilisation aisée ne doit pas faire méconnaître le danger d'un diagnostic trop rapide et doit au contraire exacerber la vigilance du médecin quant à la validation du diagnostic.